传染病预防控制重点实验室紧密围绕我国传染病预防控制工作的重大需求，以严重威胁我国人民生命健康的重要传染病为主要研究对象，从传染病预防控制现场工作存在的关键科学问题和技术难点入手，密切结合现场，开展应用基础研究，发展技术平台和网络化监测技术。利用基因组学、蛋白质组学、生物信息学等先进技术，结合分子遗传学、分子流行病学开展病原体进化和变异、传染病应对技术和策略、重要传染病流行趋势和预测、新发传染病发生机理等方面的研究。

     重点实验室除了要开展基础和应用基础研究外，还要承担中国CDC下达的传染病预防控制任务，应对传染病重大事件。

         重要传染病病原体变异和进化研究  

         新发传染病的发生机理研究  

         重要传染病预防控制的支撑技术研究  

         未知病原体检测、鉴定技术体系研究