重点实验室除了要开展基础和应用基础研究外，还要承担中国CDC下达的传染病预防控制任务，应对传染病重大事件。主要研究内容：
1. 细菌毒力岛的分布和传播特点。
2. 人畜共患病病原微生物的传播机制和跨种族传播机理。
3. 未知病毒检测芯片研究。
4. 非培养性病原性细菌鉴定系统研究。
5. 发展常见传染病的新型诊断、检测、鉴定技术。
6. 疫苗基础研究。
7. 我国重要传染病病原体的分子进化研究和分子流行谱。
8. 发展主要传染病病原体的实验室监测核心技术。
9. 重要传染病预防控制策略的研究。
研究的病原体包括：
鼠疫杆菌、炭疽芽孢杆菌、土拉菌、伯克霍尔德菌、蜡状芽孢杆菌、霍乱弧菌、伤寒沙门菌、创伤弧菌、副溶血弧菌、拟态弧菌、志贺氏菌、致泻性大肠杆菌、李斯特菌、猪链球菌、 致病性单胞菌、枸橼酸杆菌、伯氏疏螺旋体（莱姆病）、脑膜炎萘瑟氏菌、军团菌、嗜血杆菌、白喉棒状杆菌、百日咳杆菌、破伤风梭菌、肺炎克雷伯菌、肺炎链球菌、结核杆菌、巴氏杆菌、环状芽孢杆菌、巴尔通体、小肠结肠炎耶尔森氏菌、聚团肠杆菌、抗坏血酸吕沃菌、斑点热立克次体、贝纳氏柯克斯体、恙虫病东方体、致病性梭菌、隐球菌、衣原体、乙脑、狂犬病、朊病毒、流行性出血热、虫媒病毒等40余种病原体
