1) 2006年董小平研究员被人事部等部委评为“新世纪百千万人才工程”国家级人选；
2) 邵祝军2009年被北京市教育委员会和北京市学位委员会授予北京市优秀博士学位论文；
3) 2007年阚飙获研究员得由中共中央组织部、国家人事部、中国科协联合颁发的第十届“中国青年科技奖”。
4) 2008年徐冬蕾、张媛媛、梁莹、罗霞、张京云、朱兵清参与汶川抗震救灾卫生工作荣获全国妇联授予的“全国三八红旗手集体”称号；
5) 2008年徐冬蕾同志被授予“全国三八红旗手”称号；
6) 2009年重点实验室肠道组荣获中央国家机关工会联合会颁发的“中央国家机关五一劳动先进集体”称号；
7) 2010年由于重点实验室鼠疫组在玉树灾区鼠疫防控工作中的突出贡献，传染病所被中共中央、国务院、中央军委授予 “全国抗震救灾英雄集体”称号；
8) 2010年卢金星研究员被国家防汛抗旱总指挥部等部委授予“全国防汛抗旱先进个人”光荣称号。
9) 2008年阚飙被卫生部推选为“奥运火炬手”；
10）2007年阚飚获得中组部、人事部、中国科协授予的“中国青年科技奖”（第十届）
